Für das Musicalfestival Schloss Prugg/NÖ wurde er zum jüngsten Intendanten Österreichs berufen. 2004–2007 war er Schauspieldirektor am Theater in St. Gallen. 2005 konnte er den Stückewettbewerb St. Galler Autorentage ins Leben rufen, außerdem begründete er die St. Galler Festspiele mit. 2007–2012 war Josef E. Köpplinger Intendant des Theaters Klagenfurt. Dort gründete er 2009 den MUT-Wettbewerb für musikalisches Unterhaltungstheater und inszenierte u. a. die Uraufführungen von Peter Turrinis »Silvester« und von der verschollenen Cherubini-Oper »Koukourgi«, die von 3Sat live übertragen wurde.

Neben einer internationalen Gastdozententätigkeit waren seine zum Teil preisgekrönten Inszenierungen aus Oper, Schauspiel und Musical an Häusern wie der Oper Graz, den Kammerspielen Berlin, dem Volkstheater Wien, der Opéra national du Rhin Strasbourg, dem Aalto-Theater Essen, der Hamburgischen Staatsoper, dem Theater in der Josefstadt Wien, der Volksoper Wien, dem Théâtre du Capitole Toulouse, dem Gran Teatre del Liceu Barcelona, der Wiener Staatsoper, dem Staatstheater Nürnberg, der Oper Bonn, dem Teatro del Maggio Musicale Fiorentino und der Semperoper Dresden zu sehen.

Mit der Spielzeit 2012/2013 hat Josef E. Köpplinger die Intendanz des Gärtnerplatztheaters übernommen und inszenierte hier seitdem u. a. »Im weißen Rössl«, »Anything Goes«, die Uraufführung von Friedrich Cerhas Oper »Onkel Präsident«, »Der Mann von La Mancha«, die Kontinentale Erstaufführung von »Tschitti Tschitti Bäng Bäng«, »Die Zirkusprinzessin«, »Cinderella«, die Musical-Uraufführung »Gefährliche Liebschaften« von Marc Schubring und Wolfgang Adenberg, »Singinʼ in the Rain«, »Das Lächeln einer Sommernacht«, »Viktoria und ihr Husar«, die Uraufführung von Johanna Doderers Oper »Liliom«, für die er gleichfalls als Librettist verantwortlich zeichnete, »Die Faschingsfee«, »Jesus Christ Superstar«, »Die lustige Witwe«, »My Fair Lady«, die Operetten-Uraufführung »Drei Männer im Schnee« von Thomas Pigor, »On the Town«, »Non(n)sens«, die Uraufführung von Johanna Doderers und Peter Turrinis Oper »Schuberts Reise nach Atzenbrugg«, »Der Barbier von Sevilla«, »Mozart muss sterben«, »Die Fledermaus«, »Die Großherzogin von Gerolstein«, »Figaros Hochzeit« sowie »Die Zauberflöte«.